Theo Nghị định số 131/2018/NĐ-CP của Chính phủ, cơ cấu tổ chức của Ủy ban gồm[1]:

1. Vụ Nông nghiệp;

2. Vụ Công nghiệp;

3. Vụ Năng lượng;

4. Vụ Công nghệ và hạ tầng;

5. Vụ Tổng hợp;

6. Vụ Pháp chế, kiểm soát nội bộ;

7. Vụ Tổ chức cán bộ;

8. Văn phòng;

9. Trung tâm thông tin.

Ủy ban được giao quản lý vốn Nhà nước đối với các doanh nghiệp sau:

1. Tổng công ty Đầu tư và Kinh doanh vốn nhà nước (SCIC);

2. Tập đoàn Dầu khí Việt Nam (PVN);

3. Tập đoàn Điện lực Việt Nam (EVN);

4. Tập đoàn Xăng dầu Việt Nam (Petrolimex);

5. Tập đoàn Hóa chất Việt Nam (Vinachem);

6. Tập đoàn Công nghiệp Cao su Việt Nam;

7. Tập đoàn Công nghiệp Than - Khoáng sản Việt Nam;

8. Tập đoàn Bưu chính Viễn thông Việt Nam (VNPT);

9. Tổng công ty Viễn thông MobiFone;

10. Tổng công ty Thuốc lá Việt Nam (Vinataba);

11. Tổng công ty Hàng không Việt Nam (Vietnam Airlines);

12. Tổng công ty Hàng hải Việt Nam (Vinalines);

13. Tổng công ty Đường sắt Việt Nam;

14. Tổng công ty Đầu tư phát triển đường cao tốc Việt Nam VEC;

15. Tổng công ty Cảng Hàng không Việt Nam (ACV);

16. Tổng công ty Cà phê Việt Nam;

17. Tổng công ty Lương thực miền Nam (Vinafood2);

18. Tổng công ty Lương thực miền Bắc (Vinafood1);

19. Tổng công ty Lâm nghiệp Việt Nam